1550년 12월 15일 선교 양종 복립을 명함. 자전 비망기: 양민이 군역을 피해 중이 되어 군액이 줄고 승도를 통솔할 이가 없어 잡승을 금하기 어렵다, 《대전》의 양종은 불교 숭상이 아니라 중이 되는 길을 막으려던 것이니 봉은사·봉선사를 선종·교종 본산으로 삼아 대선취재조와 도승 조건을 신명하라. 상진 회계: 군역 도피자가 중이 되고 도둑으로 잡히는 자의 반이 중이다. 사관 논평: 자전이 이단으로 이끌고 인수궁 역사가 한창인데 양종 명까지 내려 사람들이 걱정했다(본문). 이후 양사·홍문관·승정원·성균관 생원·의정부와 육조 낭관 등이 1551년 5월까지 거의 날마다 반대(제목). 1551년 5월 26일 양종 응행 절목, 7월 17일 판선종사 보우와 판교종사 수진이 광화문 밖에서 숙배하니 도성 사람들이 많이 모여들어 놀라고 괴이하게 여기지 않는 이가 없었음(본문). 11~12월 배천 강서사 주지를 때린 유생 조응규 일로 성균 생원 4백여 명이 상소했으나 12월 7일 조응규의 죄를 결단(제목). 1552년 4월 12일 선종 21인·교종 12인을 뽑고(승과), 8월 도승 문제로 대간이 거듭 사직하다 25일 배표 대례 때문에 부득이 출사, 1553년 6월 23일 호패와 도첩을 받은 승려의 군역을 면제(제목). 1554년 8월 13·18일 내년 식년에 선과를 시행하고 전례대로 양종에서 초시를 치게 함(제목). 1555년 2월 2일 양종은 법조를 지키고 중이 사족을 능멸하지 못하게 하고, 6일 대사헌 윤춘년 등의 부처 공양 상차와 7~13일 양사·홍문관·집의의 내원당 혁파 청을 모두 불윤, 25·29일 중을 다스리는 일은 당초 사목대로 하고 지음승·주지승 차임을 신중히 하게 함. 4월 23일 봉은사에서 작폐한 유생 조인을 체포하게 하고 관대 청을 물리쳐 5월 4일 결죄를 형조에 전교, 7월 24일 무장 유생 안서순이 요승 보우의 머리를 베라고 상소(제목). 1556년 6월 5~13일 능침사 위세를 계속 주라 했다가 간원 반대로 을묘년 위세만 주지 않게 하고, 9월 17일 정원이 중학 유생들이 봉은사에 유숙한 일을 아룀(제목). 1557년 2월 23일~5월 13일 양사·홍문관이 거승 위전의 세금 지급에 거듭 반대하자 5월 13일 주지 말라 하고, 2월 27~29일 도첩·호패 있는 중의 역사 면제를 명했다가 간언으로 거두었으나 7월 22일 다시 역사시키지 말라고 함(제목). 1559년 11월 9일 간원이 요승과 내통한 금원군 이영의 처벌을 청하고, 29일 이준경이 분수를 모르는 승도를 경계하자 하며, 12월 17·22일 헌부가 양종 전세와 능침사 위세를 아룀(제목). 1560년 4월 2일 중에게 포악한 짓을 한 임천 군수 조보의 치죄를 명하자 13일 성균관 유생 1천여 명이 조보의 일로 상소, 5월 30일 봉은사 거승위 제급을 명함(제목). 1562년 7월 4일 헌부가 선종 판사 보우의 추고를 청하고 9월 29일 보우를 체임, 12월 19일 직첩을 돌려줌(제목). 1563년 3월 13일 삼전이 선릉·정릉에 친제할 때 숨어 본 중 의운을 붙잡고, 15일 헌부가 의운·선종 판사승의 중벌을 청함(제목). 1565년 3월 13일 내원당의 도회 유생 공궤는 불가하다 하고, 15·16일 홍문관이 중들의 횡포와 내수사의 폐단을 차자(제목). 1566년 4월 19·20일 내수사 인신과 양종 선과를 혁파하고, 7월 11~13일 각도 사찰·내원당의 위전·수세전 추쇄를 의논, 10월 4일 돌아와 농사지으려는 중들의 부역 면제를 논의(제목). 1554-선기소장(E1554-08), 1554-자수궁나한전(E1554-09), 1555-종으로총통(E1555-03) 참조. 보우 처벌은 1565-보우유배(E1565-05)